Structura Asociatiei GS1 Moldova este descrisa mai detaliat in Statutul ei si reiesa din principiile de baza ale activitatii- de a fi organizatie ce este condusa de utilizatorii sistemei GS1.

Membrii Asociatiei sunt intreprinderile si organizatiile Republicii Moldova. Cerintele si necesitatile pentru inbunatatirea eficientei bussinesului, testarea standardelor si specificarilor elaborate de catre GS1, sunt principale in activitatea intreprinderii. Actualmente mai mult de 500 de firme din diferite domenii au devenit Membri ai Asociatiei.

Conducerea de varf a Asociatiei este Adunarea Generala. Adunarea Generala primeste hotarirea despre schimbarea Statutului organizatiei, despre - alegerea organelor de conducere ai Asociatiei Consiliului de Administratie si Directiei Executive. Consiliul de Administratie, ales din membrii asociatiei, organizeaza si controleaza activitatea Directiei Executive.

Toata activitatea GS1 Moldova este finansata prin cotizatiile de membrii ai asociatiei, stabilite de catre Adunarea Generala.